금융결제원은 의사결정기구로 총회, 이사회, 15개 위원회를 두고 있습니다.

비영리 사단법인인 금융결제원의 사원은 한국은행을 비롯한 10개 은행이며, 지방은행, 서민금융회사, 금융투자회사 등 많은 금융회사가 준사원 또는 특별참가기관으로 금융결제원 업무에 참가하고 있습니다.

총회는 사원 전원으로 구성되며 정관의 변경, 사업계획 및 예·결산 승인, 회비분담기준 결정, 이사 선임 등 금융결제원운영에 관한 주요사안을 결정하는 최고의사결정기구입니다.

이사회는 사원 및 준사원 중 총회에서 선임하는 비상임이사 11인과 금융결제원 원장, 전무이사로 구성되며 금융결제원의 업무에 관한 기본방침을 결정하는 의사결정기구입니다.

위원회는 업무별로 사원 및 준사원의 담당부서장 중 이사회에서 선임하는 위원 10인과 금융결제원 담당부서장으로 구성되며 총회 또는 이사회에 부의할 안건을 심의하거나 위임 받은 사항을 의결하고 있습니다.